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自1843年英國政府對香港的統治提供指引，當時的英國女皇維多利亞頒發了《英皇制誥》和《皇室訓令》，確立了香港的行政、立法及司法的政制架構，達致三權分立的目的。並在同年6月26日總督府公佈憲章訂定成立定例局及於1883年成立潔淨局雖然分為官守及非官守議員，但當中的非官守議員只屬委任性質[12]，1970年代，前港督麥理浩在香港重新推出推行代議政制的概念[13]，讓市民有參政的權利。但需要直至1983年港英政府才正式推行代議政制開始，香港市民開始可以參與政制發展。直至1995年港督彭定康的政改方案香港才全面直選，但引致中國強烈不滿。中國便取消原有的直通車安排[14]，一律以6月30日為限，7月1日行使權力的臨時議會，回復至1995年前的狀況，政府的委任議席重現，及後2000年發生第二次禽流感後，行政長官董建華宣佈廢除兩個民選的市政局，成立食物環境衛生署及康樂及文化事務署。但當年游說區議會支持而作出的下放權力承諾，僅於2006年推出方案討論，但方案與區議會所想的相距甚遠。

香港特別行政區由行政長官[15]作為政府決策者。行政長官由一個800名通過間接選舉及當然成員組成的「選舉委員會」以記名及一人一票方式產生，第1屆委員會成員由中國政府委任，第2屆則由功能界別選民[16]選出。2007年後的組成及選舉辦法，將可根據基本法附件一指定程序修改。行政長官每屆任期為5年，並可連任1次，但如原行政長官未能完成任期，繼任者最多則以餘下任期加上下一屆任期的五年為上限。由行政長官主持的行政會議為特區政府最高行政決策機關。

香港特別行政區首任行政長官為董建華，他由中央政府所委任的400人選舉委員會在1996年12月選出，並在1997年7月1日正式宣誓就任。2002年2月，董建華獲800人選舉委員會超過700委員的提名，參加第二屆行政長官選舉，並在無對手的情況、沒有通過選舉之下連任，任期由2002年7月開始直至2007年6月完結，但是董建華於2005年3月宣稱因健康理由辭職，由當時的政務司司長曾蔭權任署理行政長官。後來曾蔭權辭職參與特首補選，於是署理行政長官之職位就交由財政司司長唐英年擔任。2005年6月，曾蔭權在行政長官補選中自動當選，正式被中央人民政府委任為新的行政長官，任期至2007年6月止，即第二屆餘下的任期。

香港立法會選舉在1998年5月及2000年9月舉行了兩次。並根據香港的「小憲法」──《基本法》，第1屆立法會有60席，當中24席為地區議席以比例代表制的選舉方法所產生；30席為功能界別席位以團體或一人一票的選舉方法所產生；餘下6名由選舉委員會投票選出。功能界別及選舉委員會議席由於不是通過普選產生，被視為「小圈子」選舉。

2003年香港經濟受SARS嚴重影響，引發社會對政府衛生當局的不滿。同年7月1日，香港基本法第23條立法中政治爭拗所引起的民怨爆發，當日由「民間人權陣線」發起了一次大遊行，稱為七一遊行，聲稱有50萬市民參與。這次遊行主要反對就基本法23條立法、爭取在2007、2008年分別普選行政長官和立法會議員，並且要求董建華、失誤的問責官員財政司司長梁錦松及保安局局長葉劉淑儀下台，以及改善施政。事後，梁錦松及葉劉淑儀在7月中分別以私人理由辭職，而董建華也承認自己的過失但沒有下台。而2007年立法會及2008年行政長官產生辦法經過諮詢、討論及人大釋法之後，北京根據《基本法》賦予的權力宣佈2007年及2008年不實行全面普選，但承諾最終將會實現普選。在2004年5月間，鄭經翰、黃毓民及李鵬飛等個別電台節目主持人相繼宣稱言論受打壓，停止主持節目；7月1日民主派再次上街遊行；在9月12日的立法會選舉中，民主派議席由22席升至25席，親北京陣營的政黨則憑?較多的功能界別席位有35席，民建聯成為立法會「第一大黨」。2005年政府推出《政制發展專責小組第五號報告》，但被民主派議員批評過於保守，議案最終因票數不超過三分之二，而不獲通過。

2006年7月政制事務局及財政司分別推出擴大政治任命官員及商品及服務稅方案，但隨即受到各方面群起攻擊，認為政府此舉使政府決策層更加架屋疊床及有劫貧濟富之縑。